菌落计数仪是一种帮助实验人员对菌落进行计数的仪器，可以减轻实验人员的劳动强度，提高工效，提高工作质量，是各级防疫站、环境监测站、食品卫生监督检验所、医院、生物制品所、药检所、商检局、食品厂、饮料厂、化妆品厂、日化厂及大专院校、科研单位实验室等的仪器。
菌落计数是微生物实验中普遍的实验之一，是统计物品含菌数的有效方法，广泛用于食品、饮料、药品、生物制品、化妆品、卫生用品、饮用水、生活污水、工业废水、临床标本中细菌数的检验。
1.到达规定培养时间，应立即开始计数。如果不能立即计数，应将平板放置于0-4℃，但不得超过24小时。
2.计数时应选取菌落数在30-300CFU之间的平板，若有二个稀释度均在30-300CFU之间时，根据国家标准方法要求应以二者比值决定，比值小于或等于2取平均数，比值大于2则其较小数字(有的规定不考虑其比值大小，均以平均数报告)。
3.若所有稀释度均不在计数区间。如均大于300CFU，则取高稀释度的平均菌落数乘以稀释倍数报告之。如均小于30CFU，则以至低稀释度的平均菌落数乘稀释倍数报告之。如菌落数有的大于300CFU，有的又小于30CFU，但均不在30-300CFU之间，则应以接近300CFU或30CFU的平均菌落数乘以稀释倍数报告之。如所有稀释度均无菌落生长，则应按小于1乘以至低稀释倍数报告之。有的规定对上述几种情况计算出的菌落数按估算值报告。
4.菌落计数仪计算出的不同稀释度的菌落数应与稀释倍数成反比，即稀释倍数愈高菌落数愈少，稀释倍数愈低菌落数愈多。如出现逆反现象，则应视为检验中的差错(有的食品有时可能出现逆反现象，如酸性饮料等)，不应作为检样计数报告的依据。
5.当计数平板内的菌落数过多(即所有稀释度均大于300CFU时)，但分布很均匀，可取平板的一半或1/4计数。再乘以相应稀释倍数作为该平板的菌落数。
6.当平板上有链状菌落生长时，如呈链状生长的菌落之间无任何明显界限，则应作为一个菌落计，如存在有几条不同来源的链，则每条链均应按一个菌落计算，不要把链上生长的每一个菌落分开计数。如有片状菌落生长，该平板一般不宜采用，如片状菌落不到平板一半，而另一半又分布均匀，则可以半个平板的菌落数乘以2代表全平板的菌落数。
7.菌落数的报告，按国家标准方法规定菌落数在1-100时，按实有数字报告，如大于100时，则报告前面两位有效数字，第三位数按四舍五入计算。固体检样以克(g)为单位报告，液体检样以毫升(ml)为单位报告，表面涂擦则以平方厘米(cm2)报告。
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